A jogabilidade é a mesma. O menu de compras é diferente, se não me engano com atalhos diferentes também, mas nada que não se pegue rápido.
Os gráficos são obviamente melhores, e nesse ponto eu prefiro CS 1.5 com gráficos mais simples e menos informação visual.
Os cenários clássicos tem algumas diferenças na tentativa de deixá-los mais equilibrado. Por exemplo na Assalt, na entrada direita do galpão agora existe uma escada pra uma espécie de mesanino, então os CTs que vão por lá não são obrigados a entrar pela portinha armadilha.